El convento de Nuestra Señora de la Concepción de San Juan de Pasto se fundó en 1588 y fue el segundo convento concepcionista de la Audiencia de Quito, destinado a acoger a las hijas de conquistadores pobres, las cuales no podían casarse ni sustentarse en sus casas con lo que sus padres les habían dejado. Su primera abadesa fue Leonor de Orense. En 1609, ya contaba con cincuenta religiosas. A lo largo del siglo XVII su situación económica fue deteriorándose. En 1663, la iglesia estaba terminada y contaba con un retablo, pendiente de su dorado, pero todavía no se habían concluido todas las dependencias del convento. Su primera ubicación fue junto a la Plaza Mayor (Plaza Nariño), en el lugar que hoy ocupa el edificio de la Gobernación de Nariño, donde permaneció hasta 1864. Actualmente se encuentra en la plazoleta de Jesús del Rio o San Felipe.

Una Real Cédula, dada en Madrid por la reina gobernadora Mariana de Austria, viuda de Felipe IV y madre de Carlos II, dirigida a los oficiales de la Real Hacienda de Popayán, fechada el 24 de diciembre de 1674, nos permite conocer la concesión de una ayuda económica a Melchora Inga [= Inca] de Santa Margarita, religiosa novicia del convento de la Concepción de San Juan de Pasto para poder profesar en él.

El 28 de octubre de 1673, la citada novicia escribió a la reina gobernadora para hacerle partícipe “de la necesidad que padece y el desconsuelo con que se halla por no tener medios con que efectuar su profesión”. En esta carta nos dice que había ingresado en el convento el 14 de febrero de 1668 y que era descendiente de los “Ingas de esos reinos… estaba muy gustosa por verse católica cristiana”. Solicitaba se le concedieran 1.200 pesos que eran los que le faltaban para poder profesar “y señalarla congrua para sus alimentos”. Tratada su petición en el Consejo Real de las Indias:

“Con lo que juntamente representó doña Úrsola de Santa María Magdalena, abadesa del dicho convento, y lo que en razón de ello informó la ciudad de Pasto, diciendo que la dicha doña Juana Melchora es hija de don Melchor Inga de Salazar, que al presente es clérigo, subdiácono y descendiente del inga Huana [= Huayna] Capac y religiosa novicia desde el dicho año de seiscientos y sesenta y ocho, muy virtuosa y necesaria en aquel convento por tener singular voz y ser diestra en la música y que está sirviendo en la religión en esto y en las demás cosas con grande humildad…”.

Se resolvió concederle los 1.200 pesos “de a ocho reales de plata que valen trecientos y veinte y seis mil y cuatrocientos maravedís” en la caja real de Quito o de Santa Fe, la que pudiera proporcionarlos con mayor rapidez para que no se dilatara la profesión de Juana Melchora Inga de Santa Margarita.