La primera noticia que tenemos sobre un órgano en la iglesia de San Andrés data de 1549. Ese año los organeros Martín Hernández y Francisco Vázquez (padre e hijo respectivamente), vecinos de esta colación, construyen un nuevo instrumento para la parroquia. Las puertas del instrumento fueron ejecutadas por el carpintero Luis Sánchez. El instrumento costó 39.000 maravedís (104 ducados), por lo que debía tratarse de un realejo o de un órgano encastillado de siete palmos. El primer organista conocido en la iglesia de San Andrés fue Antonio Flores que desempeñaba este cargo en 1550.