En la sección Estado del Archivo Histórico Nacional, se conserva un documento, fechado el 17 de enero de 1754, en el que el licenciado José Vázquez Venegas, canónigo de la colegiata de San Hipólito de Córdoba, remitía a José Carbajal y Lancaster, ministro de Estado, un informe en él se daba cuenta de la dotación de las capillas de los siglos XIII y XIV en la catedral de Córdoba y de las memorias fundadas en ellas. Señala con una E las catorce capillas que se habían extinguido y con una P las dieciocho que todavía existían, entre ellas la de San Miguel.

La capilla de San Miguel fue fundada por Lope García de Losa, uno de los conquistadores de Córdoba, el cual debió fallecer c. 1255. Su mujer, doña Lambra, el 5 de abril de 1255, otorga dar al obispo don Lope y al cabildo cien maravedís anuales durante seis años, con los que debía comprarse una heredad que sirviera de dote de la capilla de San Miguel en la que ya estaba enterrado su marido. En 15 de mayo de ese mismo año, doña Lambra y su yerno Fernando Yenéguez, en su nombre y en el de los hijos de Lope García y doña Lambra, entregaban al cabildo la aceña de la Alhadra y la alhóndiga del barrio de Francos, las cuales habían comprado a Garci Arias, para cumplir con la citada dotación de la capilla de San Miguel.

El 3 de septiembre de 1267, doña Lambra y sus hijas Lambra y María López aportan nuevos bienes a la dotación de la capilla de San Miguel y confirman que allí estaban enterrados Lope García y sus hijos, mostrando su voluntad de ser sepultadas también en ella. Con estos bienes ampliaban sustancialmente el número de aniversarios y obligaban al cabildo a que mantuviera un capellán que sirviera en esta capilla habitualmente.

El Libro de las pitanzas o Libro verde (I, fols. 29r-30r) nos proporciona una relación de todos los bienes que se habían otorgado al cabildo para la celebración de las citadas dotaciones de la capilla de San Miguel. El documento citado de 1754, hace alusión a esta relación y nos dice que con ellos: “Lope García fundó dos aniversarios, uno por él y otro por su mujer doña Lambra, y la fiesta de San Miguel y una capilla [sic] en su capilla de San Miguel”. Este mismo documento menciona que, en el Libro de Memorias de la catedral, en agosto y octubre, se encuentra la siguiente anotación referida a los enterramientos en la capilla de San Miguel: “de don Lope García y su mujer doña Lambra que dejaron las aceñas de Lope García, allí de su hija doña Lambra y de Toda Martínez, todo delante del altar de San Miguel. De Pascual López, padre del maestre don Martín López, delante de dicho altar de San Miguel. Memoria por Diego Ruiz y su mujer en la capilla de San Miguel, a la puerta de la iglesia”. Según Manuel Nieto Cumplido en esta capilla yace enterrado también Fernán Álvarez, maestresala del obispo don Fernando González Deza, y de ella procede la lápida de “Miguel de Sasedo”, canónigo de la catedral y “capellán de sus altesas”, actualmente en la capilla de Villaviciosa. Se trata de Miguel de Salcedo que había ingresado en la capilla aragonesa del rey Fernando el Católico como niño cantor el 1 de noviembre de 1479. Seis años más tarde, el 23 de agosto de 1485, se le nombró cantor adulto de esta capilla y siguió sirviendo al rey hasta su fallecimiento en marzo de 1502. Fue presentado por los monarcas a una canonjía vacante de la catedral de Córdoba el 4 de febrero de 1494.

Antonio Jesús González Torrico indica que delante del altar de San Miguel estaban también enterrados el racionero Juan Sánchez de Valenzuela (seguía vivo en 1482) y sus difuntos. Su lápida, también descontextualizada, se encuentra al lado de la de Miguel de Salcedo en la capilla de Villaviciosa.

Si nos atenemos a la descripción que hace de esta capilla Luis María Ramírez y de las Casas-Deza, en su Descripción de la Iglesia Catedral de Córdoba, a mediados del siglo XIX, este espacio sacro había perdido la totalidad de su mobiliario litúrgico y decoración. En la versión manuscrita conservada en la Biblioteca Provincial de Córdoba, sig. Ms. 116(1), solo cita una pila de bautismo de mármol blanco que procedía de la puerta de la capilla de La Cena, la cual incluso omite en la versión impresa de esta obra. Actualmente tiene dos cuadros: un retablo de San Miguel, atribuido a Juan Pompeyo (pintor y violinista), ubicado al lado de la puerta de San Miguel, y el otro, en el muro lateral, San Fernando ofreciendo la conquista de Córdoba, del racionero de la catedral cordobesa Antonio Fernández de Castro y Villavicencio que, a mediados del siglo XIX, se encontraba “entrando por el postigo llamado del Santo Cristo de las Penas… al frente”.